Masuknya pasukan Jepang di Mojokerto pada Maret 1942 mengakibatkan perubahan pola pengajaran di lembaga pendidikan. Jepang mengambil alih sekolah-sekolah dan mengganti nama-nama sekolah. HIS diganti menjadi Sekolah Rakyat (SR), MULO menjadi SMP, dan HBS/AMS menjadi Sekolah Menengah Tinggi (SMT). Pelajaran bahasa Belanda dihapus dan diganti dengan bahasa Jepang.
Namun, perubahan sistem pendidikan ini berdampak pada penurunan kualitas pendidikan. “Siswa lebih banyak melakukan kegiatan olah fisik dan baris-berbaris untuk melatih kedisiplinan,” ungkap Yuhan.
Saat itu, keberadaan lembaga pendidikan masih jauh dari pemerataan. Hanya sedikit jumlah SR yang tersebar di Mojokerto, dan hanya terdapat satu lembaga tingkat SMP yang menempati gedung eks MULO Mojokerto. Bahkan, di Mojokerto tidak memiliki lembaga SMT atau jenjang menengah atas karena hanya ada di ibu kota karesidenan.
Dengan demikian, perubahan sistem pendidikan di Mojokerto pada masa penjajahan Jepang memiliki dampak yang signifikan pada kualitas dan pemerataan pendidikan.